මත්ස්යයින් භෞමික සතුන්ගේ ආහාර ජාල වලට වැදගත් සම්බන්ධතාවයක් දක්වන නිසා උද්යානය තුළ වසර පුරා ජලය පිරි පරිසර පද්ධතිවල මෙන්ම වසරේ එක් කාලයක් පමණක් ජලය රැඳි පරිසර පද්ධතිවල ද මොවුන් හමුවේ.
මෙම ජලජ පරිසර පද්ධතිවලට ගංගා, ඇළදොළ, විල්ලු වැනි ස්වභාවික පරිසර පද්ධතින් ද වැව් වැනි කෘත්රීම පරිසර පද්ධතීන් ද අඩංගු වේ. මත්ස්ය කුල 09 කට අයත් දේශීය මත්ස්ය විශේෂ 29 ක්ද දේශීය නොවන මත්ස්ය විශේෂ 2ක් ද උද්යානයෙන් වාර්ථා වේ.